En su cuarta participación en la Recopa, Independiente se midió ante Gremio de Porto Alegre, campeón de la Libertadores. Tras el Torneo Final 2013, luego de tres temporadas de desempeños pésimos en Primera División, Independiente descendió por primera vez en su historia a la Primera B Nacional, luego de 101 años de participación consecutiva en Primera. El equipo uruguayo se puso 0-1 en Avellaneda a lo que Independiente respondió con tres goles en trece minutos, nueva equipacion barça resultado que acabó finalizando con un 4-2 que clasificó al Rojo. En la conferencia de prensa siguiente al partido, Mourinho declaró que los árbitros de la UEFA habían estado favoreciendo al Barcelona los últimos tres años. De ahí que el Barcelona pretenda, bien una cesión con opción de compra obligatoria, bien un intercambio con futbolistas. Yo siempre creo que la necesidad y la escasez, que tan mala es para el cuerpo, super vigo refuerza muy bien el espíritu.
Los clubes de la ECA creen que esta nueva liga les proporcionaría ingresos nunca vistos anteriormente. Con Inma Cuesta, Paco León, Anna Castillo y Debi Mazar como Ava Gardner, les salió un fantático retrato sobre una época donde las pulsiones sexuales salían a la luz a pesar de los rígidos códigos morales de la época. Pero en la definición en el estadio Beira-Rio los brasileños ganaron 3-1 con un tiro de penal casi sobre el cierre del partido y se quedaron con la copa. Con un plantel renovado empató 1-1 la ida de la Recopa con goles de Luan para los brasileños y un tiro libre de Fernando Gaibor que desvió un defensor rival. El equipo argentino triunfó en la ida por 2-1 luego de arrancar perdiendo, situación que remontó con goles de Maxi Velázquez de cabeza y Marco Pérez de tiro libre. En la final del certamen chocó contra Goiás, que se encontraba en una situación parecida; jugó la final habiendo descendido a la Serie B brasileña, algo inédito en la historia del fútbol sudamericano. Jugando la vuelta en el Arena do Grêmio, Independiente sufre una temprana expulsión sancionada por el VAR, situación que ya había sucedido en el primer partido.
Previo al cotejo de vuelta asumió Antonio Mohamed. Los locales comenzaron ganando con un gol en contra, a lo que Independiente respondió dando vuelta el marcador por medio de Eduardo Tuzzio y Facundo Parra. En los cuartos de final se trajo un empate de 2-2 de Colombia y definió sin goles en el Cilindro para eliminar al Deportes Tolima con la regla del gol de visitante. Ganó sorpresivamente Independiente con un gol de José Serrizuela tras un centro buscapiés de Claudio Arzeno en el inicio del segundo tiempo, donde nada pudo hacer el arquero José Luis Chilavert. Necesitaba vencer en el estadio José Amalfitani para empatar al equipo del Fortín en puntos y forzar un partido desempate, pero los equipos empataron sin goles y el Rojo salió segundo. El campeonato finalizó en el mes de mayo por la realización del Mundial 1994. El Rojo acabó teniendo tanto el mejor ataque del campeonato como la mejor defensa, con 32 goles a favor y sólo 13 en contra respectivamente.
En la temporada 2004-05 pasó a formar parte definitivamente de la plantilla del primer equipo, supervigo.com y participó muy activamente en la consecución del Campeonato Nacional de Liga. Esto permite al club comunicarse con su afición y generar contenidos de valor para un consumo proactivo por parte de sus seguidores, que pueden seleccionar libremente vídeos a la carta. Más adelante fue incorporado al Parque Central e integrado al Club Nacional de Football, como una sección independiente. El 29 de mayo de 2010 el seleccionador Vicente del Bosque le incluyó en la lista final de convocados para la Copa Mundial de Fútbol de 2010, convirtiéndose en titular indiscutible del combinado nacional en dicho campeonato. A su vez alcanzó los cuartos de final de la Copa Mercosur 2001, quedando afuera con el Flamengo. Arthur Melo, extracomunitario, abandonó el club a final de esta temporada, como moneda de intercambio por el pivote Miralem Pjanić, quien llega al club por 86 millones, el octavo fichaje más caro del club.
La Copa Sudamericana 2010 vio a Independiente eliminar a Argentinos en primera fase, logro que lo clasificó a los octavos de final contra Defensor Sporting. En la segunda mitad del año, mientras terminaba en la última posición del Torneo Apertura, vivió una realidad paralela protagonizando una gran campaña en una copa internacional. Independiente peleó mano a mano el Torneo Clausura con Vélez Sarsfield, con quién tuvo que enfrentarse recién en la última fecha. Independiente ganó el Torneo Clausura bajo la dirección técnica de Miguel Ángel Brindisi luego de golear en la última fecha a Huracán por 4-0, quien venía siendo el puntero del campeonato. Luego del campeonato local, el segundo semestre marcó el regreso al plano internacional. El Rojo, entrenado por Américo Gallego, tenía un plantel integrado entre otras figuras por Gabriel Milito, Federico Insúa, Daniel Montenegro y Andrés Silvera, siendo este último el goleador del campeonato con 16 goles.