En julio de 2015, Carlitos regresó al Xeneize para hacerse cargo de un número que ya había llevado en la última parte de su primera etapa. Además, conquistó dos títulos: el Campeonato de Primera División 2015 y la Copa Argentina del mismo año. A mediados de 2017, el talentoso mediocampista colombiano llegó a Boca desde el Monterrey de México y se puso la 10 que acababa de dejar Centurión.